新しいXREAサーバにNucleus3.3をインストールしてみますた。
PHP 5.2.5、MySQL 5.1.22-rc なサーバですよ、っと。

現在利用中のサーバ(s62.xrea.com PHP4.4.4、MySQL4.0.26 なサーバ)も最新のNucleus3.3 なんですが、mixiがRSSを読めていないみたいです。FEED Validatorでチェックしても、なるほど、not validate だと言われてしまいますね...。
なんか文字コードあたりの問題っぽい(定かではないですけど)。

どうしたらいいのか見当もつかないので、とりあえず新しいサーバにNucleusを新規にインストールしてみました。
mixiの日記に反映されているでしょうか。